Ingénieur en analyses d’images et traitement de données

Vous souhaitez contribuer à la recherche scientifique en écologie ?

Rejoignez le laboratoire Biodiversité Gènes et Communauté (BIOGECO) – de l’Université de Bordeaux !

Le programme de recherches de l'unité Mixte de Recherches BIOGECO est orienté vers l’analyse de la structure, de la fonction et de l’évolution de la biodiversité à différentes échelles du vivant (des gènes aux communautés d’organismes) dans une perspective de gestion durable des ressources et des milieux.

Au sein de la Plateforme PHENOBOIS, qui travaille sur le phénotypage des propriétés physico-chimiques du bois et hydrauliques des arbres, nous recrutons un∙e Ingénieur∙e en analyses d’images et traitement de données.

Votre mission consistera à prendre en charge, au sein de la plateforme PHENOBOIS de Bordeaux, des activités liées à l’acquisition et à l’analyse d’image qui représentent une part de plus en plus importante :

• Analyse de résistance à la sécheresse par méthode optique (acquisition et analyses d’images), développement de script pour automatiser les analyses
• Analyses de scans obtenus en tomographie 3D à rayon X et anatomie du bois (microscopie optique et électronique)

Vous mettrez en place des protocoles d’analyses automatisés performants et ergonomiques, qui seront mis au service de la communauté de chercheurs en biologie dans notre unité et au-delà.

# Acquisition et traitement d’images

• Vous mettez en place et optimisez les procédures de recueil et de contrôle d'acquisition d'image 2D / 3D
• Vous réalisez le traitement et la visualisation d'image 2D / 3D (fixe et dynamique)

# Base de données

• Vous organisez la mise en forme, le stockage des données
• Vous assurez la maintenance des bases de données créées

# Activités transverses

• Vous adaptez les applications informatiques aux besoins du projet : écriture macro d’analyse pour langages associés à Image J, Roxas ou logiciels 3D Avizo, DragonFly, Labvie, …
• Vous gérez et maintenez les outils informatiques partagés
• Vous participez à des réseaux professionnels

Titulaire d’un diplôme de niveau Bac +5 en informatique avez une spécialisation en traitement d’images, vous avez une appétence pour la recherche scientifique.

• Vous faites preuve de qualité d’écoute et de retranscription des besoins « clients »
• Vous êtes autonome dans vos activités et savez appliquer une méthode « agile »
• Vous maîtrisez les langages Java, Visual Basic 6.0 utilisés dans ImageJ et Roxas
• Vous connaissez les logiciels 3D Avizo, DragonFly, Labvie ou savez rapidement les prendre en main
• Vous parlez, lisez et écrivez l’anglais technique (niveau B1/B2)